عالم حسابي-عالم ما بعد الدكتوراه (علم الأورام المناعي)

تفاصيل الفرصة

المكافأة الإجمالية

0 $

جامعة حكومية

KU Leuven

المنطقة

أوروبا الغربية

البلد المضيف

بلجيكا

آخر موعد للتقديم

15 فيفري 2021

المستوى التعليمي

الدراسات العليا

نوع الفرصة

فرص عمل , ما بعد الدكتوراة

التخصصات

الطب , علم الاحياء

تمويل الفرصة

غير ممولة

الدول المؤهلة

هذه الفرصة متوفرة لجميع البلدان

المنطقة المؤهلة

جميع المناطق

(المرجع BAP-2021-31)

يسعى فريق البروفيسور أبهيشيك د جارج (قسم الطب الخلوي والجزيئي ، جامعة لوفين) ، بالتعاون الوثيق مع الفريق السريري للبروفيسور سابين تيجبار (قسم الأورام ، جامعة لوفين) ، في هذا السياق التعاوني ، مرشح مناسب لما بعد الدكتوراه متخصص في مناهج العلوم الحسابية المطبقة على الفرضية البيولوجية. يهدف فريق البروفيسور جارج إلى تطبيق مناهج حسابية متقدمة في سياق علم الأورام المناعي ، لبيانات نسخ الورم التي تم إنشاؤها بالتعاون الوثيق مع البروفيسور تيجبار ، الذي يشارك في إجراء العديد من التجارب السريرية وما قبل السريرية ذات الصلة بالعلاج المناعي للسرطان ، مما ينتج عنه مجموعات بيانات غنية بشكل فريد في نماذج بشرية وفأرية (انظر أدناه) يهدف فريق البروفيسور جارج ، بالتعاون مع البروفيسور تيجبار ، إلى الاستفادة من مجموعات بيانات مرضى السرطان متعددة الأبعاد (الورم / العقدة الليمفاوية / كتلة الزوائد اللحمية أو RNAseq أحادية الخلية ، تسلسل TCR ، microbiome 16S RNA أو meta-transcriptome وغيرها) وتطبيق نُهج بيولوجيا حسابية / مناعة وأنظمة ذات صلة عالية لإلقاء الضوء على مختلف مجالات علم الأورام المناعية ذات الصلة سريريًا مثل وظائف المستجيب أو استنفاد الخلايا الليمفاوية المتسللة إلى الورم ، واستقطاب النخاعي المرتبط بالورم الخلايا (DCs أو macrophages) ، والتحدث المتبادل بين الأنسجة الطبيعية أو الورمية وأخيرًا وليس آخرًا ، التقاطع المناعي التحدث مع العوامل البيئية مثل ميكروبيوم الأمعاء. يقوم فريق البروفيسور جارج حاليًا بمتابعة الأنشطة البحثية الجارية: (1) علم المناعة الجزيئي والمتحرك الكامن وراء العلاج المناعي الخلوي ، والأنظمة التوافقية للعلاج الكيميائي وحاصرات نقاط التفتيش المناعية. (2) علم المناعة الحاسوبية وخطوط أنابيب المعلوماتية الحيوية (لخلايا CD8 + T المستنفدة / المختلة وظيفيًا أو المرقمات الحيوية القائمة على إنترفيرون من النوع الأول) و (3) تقييم المرقم الحيوي القائم على المصل في مرضى السرطان لتوجيه إدارة المريض والتقسيم الطبقي واتخاذ القرارات العلاجية ذات الصلة بالمناعة -علم الأورام. يركز فريق البروفيسور تيجبر على تفكيك مفصل ورسم خرائط وظيفية للاستجابة المناعية للأمعاء للآفات الخبيثة وما قبل الخبيثة. يتمتع كلا المختبرين بالعديد من المنح المشتركة وشبكة واسعة من المتعاونين ، على الصعيدين الوطني والدولي ، مما يوفر إطار عمل إضافيًا من الخبراء للأنشطة. منشورات مختارة: - Vanmeerbeek، I.، Sprooten، J.، De Ruysscher، D.، Tejpar، S.، Vandenberghe، P.، Fucikova، J.، Spisek، R.، Zitvogel، L.، Kroemer، G.، Galluzzi L.، & Garg AD (2020) ساعة تجريبية: موت الخلايا المناعية الناجم عن العلاج الكيميائي في علم الأورام المناعي ، علم الأورام المناعية ، 9: 1 ، DOI: 10.1080 / 2162402X.2019.1703449. - Garg، AD.، Vandenberk، L.، Van Woensel، M.، Belmans، J.، Schaaf، M.، Boon، L.، De Vleeschouwer، S.، Agostinis، P. (2017). لا تلخص الفعالية قبل السريرية للعلاج الأحادي بنقطة التفتيش المناعي التنبؤات السريرية المستندة إلى المؤشرات الحيوية المقابلة في الورم الأرومي الدبقي. OncoImmunology ، 6 (4) ، رقم المادة. e1295903. - Qian J، Olbrecht S، Boeckx B، Vos H، Laoui D، Etlioglu E، Wauters E، Pomella V، Verbandt S، Busschaert P، Bassez A، Franken A، Bempt MV، Xiong J، Weynand B، van Herck Y، Antoranz A و Bosisio FM و Thienpont B و Floris G و Vergote I و Smeets A و Tejpar S و Lambrechts D. مخطط شامل للسرطان للبيئة الدقيقة للورم غير المتجانسة التي تم الكشف عنها بواسطة التنميط أحادي الخلية. دقة الخلية. 2020 سبتمبر ؛ 30 (9): 745-762. PMID: 32561858 - Lee HO، Hong Y، Etlioglu HE، Cho YB، Pomella V، Van den Bosch B، Vanhecke J، Verbandt S، Hong H، Min JW، Kim N، Eum HH، Qian J، Boeckx B، Lambrechts D ، Tsantoulis P، De Hertogh G، Chung W، Lee T، An M، Shin HT، Joung JG، Jung MH، Ko G، Wirapati P، Kim SH، Kim HC، Yun SH، Tan IBH، Ranjan B، Lee WY، Kim TY و Choi JK و Kim YJ و Prabhakar S و Tejpar S و Park WY. تؤثر برامج التعبير الجيني المعتمد على النسب على المشهد المناعي لسرطان القولون والمستقيم. نات جينيه. 2020 يونيو ؛ 52 (6): 594-603. PMID: 32451460 - Guinney، J.، Dienstmann، R.، Wang، X.، de Reyniès، A.، Schlicker، A.، Soneson، C.، Marisa، L.، Roepman، P.، Nyamundanda، G.، Angelino ، P. ، Bot ، BM ، Morris ، JS ، Simon ، IM ، Gerster ، S. ، Fessler ، E. ، De Sousa E Melo ، F. ، Missiaglia ، E. ، Ramay ، H. ، Barras ، D. ، Homicsko، K.، Maru، D.، Manyam، GC، Broom، B.، Boige، V.، Perez-Villamil، B.، Laderas، T.، Salazar، R.، Gray، JW، Hanahan، D.، Tabernero، J.، Bernards، R.، Friend، SH، Laurent-Puig، P.، Medema، JP، Sadanandam، A.، Wessels، L.، Delorenzi، M.، Kopetz، S.، Vermeulen، L.، Tejpar ، S. (2015). الأنواع الفرعية الجزيئية المتفق عليها لسرطان القولون والمستقيم. طب الطبيعة ، 21 (11) ، رقم الفن. 10.1038 / نانومتر 3967 ، 1350-6.

موقع فان دي إينهيد

في دورك كعالم ما بعد الدكتوراه ، ستركز على تطبيق وتطوير المعلومات الحسابية والبيولوجية (المتقدمة) لبيانات التعبير عن الورم السرطاني (RNAseq بالجملة ، RNAseq أحادية الخلية ومجموعات البيانات الوراثية المتقدمة الأخرى) ، بالتزامن مع بيانات المرضى السريريين للحصول على النتائج في النهاية ذات الصلة بعلم الأورام المناعي والعلاج المناعي للسرطان. في نهاية المطاف ، ستتقارب خطوط أنابيب هذه التحليلات أيضًا من أجل دمج mult-omics مع طرائق التحليلات الأخرى مثل تحليلات ميكروبيوم الأمعاء (16S RNA-seq) وبيانات تسلسل TCR و / أو بيانات الببتيدوم المستضدي ، بالتعاون مع مختبرات أخرى تعمل إما في KU Leuven ، بلجيكا أو في الخارج.

بشكل عام ، سيكون لديك فرصة فريدة لتشكيل وقيادة العديد من مشاريع علم الأورام المناعية ذات الصلة بالحاسوب / المعلوماتية الحيوية التي تهدف إلى تطوير الحوار المتبادل بين الخلايا المناعية المختلفة والبيئة الدقيقة للورم في سياق العلاج المناعي السريري للسرطان بما في ذلك (على سبيل المثال لا الحصر) حاصرات نقاط التفتيش المناعية ونظام العلاج المناعي المتقدم القائم على العلاج الكيميائي. تتمتع خطوط البحث هذه بالكثير من الإمكانات التحويلية لمرضى السرطان ، حيث يتوسع مجال العلاج المناعي للسرطان بسرعة ولكنه لا يزال بحاجة ماسة إلى علامات جزيئية جديدة قادرة على توجيه القرارات السريرية.

أثناء قيادة هذه المشاريع البحثية الحديثة ، من المتوقع أيضًا أن تتمتع بمهارات اتصال جيدة وروح تعاونية عالية واستعداد للعمل بالتنسيق مع العديد من الفرق والأطباء المختلفين ، كما يُتوقع منك تقديم المشورة والتوجيه والتنسيق مع طلاب الدكتوراه أو باحثي ما بعد الدكتوراة من داخل فرقنا أو الفرق المتعاونة الأخرى بشأن التحليلات الحاسوبية في سياق علم الأورام المناعي.

أنت قادر على تنظيم عملك واستكشاف الأخطاء فيه وإصلاحها بشكل مستقل ، وتوثيقه بدقة وإبلاغ النتائج والتجربة مع الفريق بطريقة شفافة ومهنية.

نحن نبحث عن عالم حسابي / عالم أحياء / عالم معلوماتي حيوي يتمتع بدرجة عالية من الحافز والتنظيم والديناميكية مع مستوى عالٍ من الاعتماد والتفكير الإبداعي من أجل مناهج بحثية مرنة ومعقدة:

- يجب أن تكون حاصلاً على درجة الدكتوراه مع موضوع في أحد المجالات التالية: المعلوماتية الحيوية أو العلوم الحسابية / علم الأحياء أو علم النظم أو ما شابه ذلك.

- تعتبر الخبرة في علم المناعة الحسابي ميزة إضافية.

- يجب أن تكون قادرًا على إظهار المهارات التالية: تحليل وفك تشفير بيانات النسخ / الجينوم ، واشتقاق الشبكات القائمة على النظم البيولوجية من بيانات omics ، والكفاءة في لغات البرمجة الحسابية (مثل R ، Python ، Bash ، Snakemake ، MATLAB أو غيرها) ، تحليل السرطانات المتاحة للجمهور مجموعات بيانات التعبير (خاصة مجموعات بيانات TCGA ومجموعات بيانات GEO) ، والمهارات في تطبيق وتطوير الأساليب الإحصائية لحل المشكلات البيولوجية (مثل الاختبار الإحصائي ، والنمذجة الخطية ، والانحدار ، والتعلم الآلي).

- سيتم النظر في سجل تتبع النشر الذي أثبت نجاحه في هذا المجال.

- دافع جوهري عالي وفضول علمي قوي.

- القدرة على الإبداع وتقديم أفكار جديدة في تطوير الأسلوب وتحليل البيانات وتفسيرها.

- لاعب فريق يمكنه العمل بشكل مستقل وفي بيئة متعددة التخصصات (دولية).

- مهارات تواصل إنجليزية شفهية وكتابية ممتازة.

- موقف استباقي ، مرن ، وحل المشكلات.

- خبرة في العمل مع المواعيد النهائية والمشاركة في مشاريع متعددة.

المدة: عقد بدوام كامل لمدة عام مع إمكانية تمديد (على الأقل) سنتين إضافيتين بعد ذلك. لقد تم تحفيزك للتقدم بطلب للحصول على زمالة ما بعد الدكتوراه.

المنصب متاح على الفور.

(مبكرًا) الوصول إلى أحدث بيانات نسخ مرضى السرطان.

بيئة بحثية محفزة (دولية ، متعددة التخصصات) حيث يتم تشجيع الجودة والمهنية وروح الفريق.

القدرة على العمل في مشاريع استثنائية وعالية التأثير علميًا.

فرصة أن تكون جزءًا من فريق شاب وديناميكي (البروفيسور جارج) وكذلك العمل عن كثب مع فريق من الأطباء المشهورين عالميًا (البروفيسور تيجبار) وبالتالي تقديم مساهمة ذات مغزى في أبحاث الأورام المناعية.

KU Leuven هي واحدة من أكثر الجامعات إبداعًا في أوروبا. يقع لوفين 20 دقيقة. من بروكسل ، في وسط أوروبا.

يجب أن تتضمن جميع الطلبات ما يلي: خطاب تحفيزي وسيرة ذاتية كاملة تتضمن تفاصيل الاتصال وقائمة بمنشوراتك واثنين من جهات الاتصال لمزيد من المراجع. تقدم بطلب عبر الإنترنت من موقع KU Leuven (يرجى عدم إرسال هذه المستندات عبر البريد الإلكتروني). لمزيد من المعلومات أو في حالة وجود أي شكوك ، يرجى عدم التردد في الاتصال بالبروفيسور أبهيشيك د. جارج (abhishek.garg@kuleuven.be).

Solliciteren for deze vacature kan to met en met 15/02/2021 عبر onze sollicitatietoepassing

KU Leuven wil een omgeving creëren waarin all talenten maxima to ontplooiing kunnen komen، ongeacht Gender، leeftijd، Culturele herkomst، nationaliteit functieberking. التقى Hebt u vragen in verband toegankelijkheid من ondersteuningsmogelijkheden ، dan kan u ons contacteren عبر variousiteit.HR@kuleuven.be.