Doctorat en biologie des systèmes informatiques (1,0 ETP)
Université de Groningue
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Le groupe de biologie des systèmes moléculaires de l'Université de Groningen (Pays-Bas) a une ouverture pour un doctorant enthousiaste et talentueux. L'Université de Groningen, située au nord des Pays-Bas, jouit d'une réputation internationale comme l'une des universités de recherche les plus anciennes et les plus importantes d'Europe.
Le groupe Biologie des systèmes moléculaires vise à générer une compréhension au niveau des systèmes du fonctionnement du métabolisme (Prof. Matthias Heinemann) et de la régulation de la croissance par la voie de signalisation TOR (Dr Andreas Milias-Argeitis). Pour atteindre ces objectifs, les membres du groupe combinent des approches expérimentales utilisant des technologies à cellule unique de pointe telles que la microfluidique et l'optogénétique, et développent de nouvelles méthodes pour relever les défis informatiques qui se posent. Ensemble, les membres de l'équipe internationale et interdisciplinaire (doctorants et post-doctorants ayant une formation en biologie, ingénierie, physique et mathématiques) créent une atmosphère de recherche inspirante et hautement collaborative. La description du poste actuellement ouvert est fournie ci-dessous. Le projet sera supervisé par le Dr Milias-Argeitis.
Un comportement dynamique hétérogène est très couramment observé même dans les populations de cellules isogéniques. Pour étudier les origines et les effets de cette hétérogénéité, nous travaillons avec des modèles basés sur les ODE à effets mixtes et avons déjà développé de nouvelles méthodes de propagation et de quantification de l'incertitude paramétrique pour cette classe de modèles. Dans ce projet, nous utiliserons nos méthodes comme base pour la construction d'algorithmes d'inférence de paramètres et de sélection de modèles efficaces en termes de calcul pour les systèmes ODE à effets mixtes modélisant des réseaux biochimiques avec une variabilité de cellule à cellule. Les algorithmes développés seront utilisés pour évaluer les effets de différentes perturbations dynamiques d'entrée, dans le but de déterminer des expériences qui peuvent maximiser les informations sur des aspects particuliers d'un système donné. Notre objectif ultime est de générer des modèles dynamiques pour la régulation des cibles clés de la voie de signalisation TOR de la levure, en utilisant nos riches ensembles de données de microscopie unicellulaire.
• vous avez une formation en biologie des systèmes, en mathématiques appliquées, en génie (de contrôle) ou en (bio) physique, et idéalement une certaine expérience de recherche de premier cycle
• vous avez une bonne connaissance des langages de programmation (par exemple Matlab, Python ou C ++) et une expérience suffisante de la simulation de système dynamique. Une connaissance des bases de la théorie des probabilités, des statistiques bayésiennes et / ou des méthodes de quantification de l'incertitude est également hautement souhaitable
• vous maîtrisez parfaitement l'anglais (oral et écrit) et possédez d'excellentes compétences en communication et en collaboration.
Tags d'emploi
Théorie des systèmes dynamiques, théorie des probabilités, inférence bayésienne, méthodes de Monte Carlo, modélisation mathématique, réseaux biochimiques, biologie des systèmes, modèles à effets mixtes, inférence bayésienne, quantification de l'incertitude.
Nous vous proposons conformément à la convention collective du travail pour les universités néerlandaises:
• un salaire de 2 325 € brut par mois la première année, jusqu'à un maximum de 2 972 € brut par mois la quatrième et dernière année
• une allocation de vacances de 8% du revenu annuel brut
• une allocation de fin d'année de 8,3%
• minimum de 29 vacances et 12 vacances supplémentaires en cas d'emploi à temps plein
• un poste à temps plein (1,0 ETP). Le candidat retenu se verra d'abord offrir un poste temporaire d'un an avec possibilité de renouvellement pour trois ans supplémentaires. La prolongation du contrat est subordonnée à des progrès suffisants au cours de la première année pour indiquer que la réussite de la thèse de doctorat est attendue dans les trois prochaines années.
Pour plus d'informations, vous pouvez contacter:
Dr Andreas Millias , +31 50-36 36225 a.milias.argeitis@rug.nl
(veuillez ne pas utiliser les adresses e-mail ci-dessus pour les applications)
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