Chercheur postdoctoral (h / f / d) - Informatique de la biodiversité
Institut Leibniz DSMZ-Collection allemande de micro-organismes et cultures cellulaires
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Le Leibniz-Institute DSMZ - German Collection Microorganisms and Cell Cultures GmbH, Braunschweig offre la position d'un
Associé de recherche postdoctoral (h / f / d)
Informatique de la biodiversité
dans le département de bioinformatique (Dr. Boyke Bunk). L'engagement sera initialement limité à 2 ans avec un niveau de salaire selon TV-L 13, mais peut être prolongé. Le poste est offert à temps plein (39,8 heures par semaine) et ne convient pas au travail à temps partiel.
Le Leibniz Institute DSMZ est l'un des plus grands centres de bioressources au monde. L'institut est équipé d'instruments de pointe pour les travaux microbiologiques, chimiques et moléculaires, y compris un centre de séquençage, de métabolomique et de bio-informatique de nouvelle génération.
Pour la recherche sur la diversité microbienne moléculaire, des plates-formes de séquençage à lecture longue et courte (PacBio Sequel IIe, Illumina NextSeq 2000) sont disponibles. Les tâches principales du poste annoncé comprennent l'exploration quantitative, taxinomique et fonctionnelle de la diversité microbienne à partir des données du métagénome et du métatranscriptome, mais aussi des amplicons 16S / ITS. En termes de bioinformatique, votre tâche est d'accompagner la transition entre des études de métagénome auparavant courtes et dominées par la lecture vers des approches de lecture longue. En conséquence, des pipelines d'analyse innovants doivent être développés et le travail de projet en cours doit être soutenu. Un environnement de serveur HPC dédié (> 2 000 cœurs de processeur, 4,5 Po de stockage central) est disponible pour vos activités.
Les principales qualifications pour l'emploi sont une connaissance approfondie des données NGS (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore) et des logiciels d'analyse de séquence de base (QC, filtrage, procédures de rognage). Une expérience avérée dans le domaine de l'assemblage des métagénomes (par exemple MEGAHIT, IDBA, metaSPAdes) et du binning métagénomique (MaxBin2, MetaBAT, etc.) est nécessaire. Concernant les analyses 16S (amplicon), la connaissance du logiciel commun d'analyse de diversité (QIIME, MEGA, ARB, etc.) et des bases de données respectives (NCBI, SILVA, RDP, Greengenes, UNITE) est requise. De plus, une connaissance approfondie d'au moins un langage de programmation (Python, Java, C, Perl), ainsi qu'une bonne maîtrise de Linux et de la ligne de commande, sont des compétences requises. Enfin, une gestion efficace des données des référentiels et des archives de séquences centrales est attendue. Une expérience dans la gestion des environnements HPC tels que SLURM ainsi qu'avec le logiciel statistique R est utile.
Les instituts de l'Association Leibniz s'efforcent d'augmenter la proportion de femmes scientifiques. Les candidats handicapés ayant une qualification identique seront sélectionnés de manière préférentielle. Le DSMZ est un employeur garantissant l'égalité des chances, soutient un développement de carrière équilibré entre vie professionnelle et vie privée et détient le certificat d'audit beruf und familie®.
Pour plus d'informations, veuillez contacter Dr. Boyke Bunk (boyke.bunk@dsmz.de; téléphone: ++ 49-531-2616-322).
Veuillez envoyer vos documents de candidature complets, y compris un CV, une lettre de motivation, un résumé de la thèse de master / doctorat, des copies des certificats, une liste de publications, trois publications représentatives et deux références avec le numéro de candidature 01/21 à
Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH
- Personalabteilung -
Inhoffenstraße 7B
38124 Braunschweig
ou sous forme de fichier pdf unique à bewerbung@dsmz.de
Les candidatures sont les bienvenues en allemand ou en anglais.
La date limite pour cette candidature est le 20 février 2021.
Choisissez le pays que vous souhaitez le visiter pour étudier gratuitement, travailler ou faire du bénévolat
