Positions de recherche sur la génétique de l'hôte COVID-19

Positions de recherche sur la génétique de l'hôte COVID-19

Université de Toronto

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DÉTAILS OPPORTUNITÉ

Université étatique
Date limite
11 févr. 2021
Niveau d'études
Type d'opportunité
Spécialités
Financement d'opportunité
Financement complet
Pays éligibles
Cette opportunité est destiné à tous les pays
Région éligible
Toutes les régions

À propos du Réseau canadien de génomique COVID

Le 23 avril 2020, le gouvernement fédéral a engagé 40 millions de dollars ( http://www.cgen.ca/nr-april-23-2020 ) pour soutenir le lancement de Génome Canada du nouveau Réseau canadien de génomique COVID (CanCOGeN). En tant qu'installation nationale canadienne de séquençage et d'analyse du génome, le CGEn dirigera une initiative nationale de séquençage du génome de l'hôte dans ce cadre pour séquencer les génomes de 10000 Canadiens afin d'aider à comprendre l'architecture génomique de la réponse de l'hôte à SARSCov-2. Le CGEn a pour mandat de développer des liens régionaux, nationaux et internationaux pour s'assurer que cet investissement a un impact maximal sur la santé de tous les Canadiens.

Domaine de recherche

Le comité d'épidémiologie génétique du projet CGen HostSeq ( http://www.cgen.ca/project-overview ) cherche maintenant à constituer une équipe de spécialistes des données talentueux pour travailler ensemble pour identifier les variations génétiques qui contribuent au SRAS-Cov-2 l'infection, la sensibilité et la gravité de la maladie au COVID-19 en soutenant les enquêtes en cours et en répondant à des questions de recherche indépendantes. Les candidats retenus se joindront à une équipe de scientifiques de renommée internationale en épidémiologie génétique et en génétique statistique et pourront être situés à Vancouver, Montréal ou Toronto.

Ouvertures de poste

Actuellement, le comité cherche à embaucher des statisticiens, des bioinformaticiens, des épidémiologistes, des programmeurs, des chercheurs en maladies infectieuses et des généticiens humains pour des postes de personnel ou de bourses postdoctorales, et nous avons plusieurs possibilités pour ces postes. Nous pouvons exiger que le travail soit effectué à distance, et nous pouvons fournir un accès à des super ordinateurs et à des serveurs sécurisés.

Compétences requises

Les compétences requises pour ces rôles sont un sous -ensemble des éléments suivants:

• Expérience de l’imputation des données phénotypiques manquantes

• Connaissance de l’imputation et du phasage génotypiques (lignes de logiciels telles que IMPUTE , SHAPEIT , PHASE et BEAGLE )

• Manipulation de séquences génomiques entières à l’aide de logiciels tels que Burrows Wheeler Aligner , samtools , Rainbow ou un logiciel associé (y compris le progiciel R tel que SNPAssoc , sequinR )

• Calcul des scores de risque polygénique

• Études d’association à l’échelle du génome à l’aide de logiciels tels que plink , plink2 , bgenie , snptest, ldak ou qctool

• Études d’association à l’échelle du génome utilisant le séquençage du génome entier

• Analyse de variantes rares et courantes

• Calcul de la corrélation génétique à l'aide de logiciels tels que LDSC / LDSR, GCTA, GEMMA ou phenix

• Annotation fonctionnelle des variantes génétiques

• Imputation des sérotypes HLA à partir des données de séquençage

• Gestion de base de données et prétraitement des données en R , matlab , python ou SQL .

• Développement de sites Web, y compris le développement backend à l'aide de python ou l'administration de serveurs Apache (ou expérience préalable avec le logiciel pheweb)

• Analyse du chromosome X (connaissance pratique de l'inactivation, des formats et des méthodes pour les régions pseudo-autosomiques, du système de groupe sanguin XG, analyse du génome entier de X ou interaction entre X et l'immunité)

Terme

La durée du contrat est d'au plus deux (2) ans. Le contrat initial sera d'un (1) an, avec la possibilité de s'étendre à deux ans en fonction des progrès.

Qualifications requises

• Une maîtrise ou un doctorat dans une discipline pertinente.

• Expérience de l'analyse de données génétiques ou du développement de logiciels génétiques.

• Compétences démontrées en résolution de problèmes, gestion du temps et compétences en communication écrite et orale.

• Aptitude avérée à penser et à travailler de manière autonome en résolvant des défis analytiques.

Un salaire

Le salaire sera déterminé en fonction du poste et de l'expérience antérieure ainsi que des avantages sociaux.

Instructions d'application

Les personnes intéressées par ces offres doivent soumettre une lettre de motivation indiquant les compétences spécifiques qu'elles possèdent (à partir de la section Compétences requises ci-dessus). Ils doivent également énumérer leur intérêt et leur expérience dans le domaine de la recherche, un curriculum vitae et une copie d'un article scientifique auquel ils ont contribué avec une description de leur rôle. Cette lettre doit explicitement aborder l'expérience antérieure d'analyse de données génétiques à grande échelle, comme la réalisation de GWAS, le calcul des scores de risque génétique et l'expérience de la conception de l'étude. Les candidats doivent inclure le nom et les adresses électroniques de deux référents potentiels et indiquer la date à laquelle ils seront disponibles pour commencer. Tous les documents de candidature doivent être soumis au format PDF dans un seul courriel à natalie.sun@sickkids.ca . L'examen de la demande commencera immédiatement et se poursuivra jusqu'à ce que les ouvertures soient comblées. Nous apprécions l'intérêt manifesté par tous pour ces postes, mais seuls les candidats présélectionnés pour une entrevue seront contactés.

Tous les candidats qualifiés sont encouragés à postuler; cependant, les Canadiens et les résidents permanents auront la priorité.

Déclaration de diversité

L'équipe est fortement engagée en faveur de la diversité au sein de sa communauté et accueille particulièrement les candidatures de personnes racialisées / personnes de couleur, de femmes, de peuples autochtones / autochtones d'Amérique du Nord, de personnes handicapées, de personnes LGBTQ et d'autres qui peuvent contribuer à la diversification des idées. .

Déclaration d'accessibilité

L'équipe s'efforce d'être une communauté équitable et inclusive et cherche de manière proactive à accroître la diversité parmi les membres de sa communauté. Nos valeurs d'équité et de diversité sont liées à notre engagement inébranlable envers l'excellence dans la poursuite de notre mission académique.

Nous nous engageons à respecter les principes de la Loi sur l'accessibilité pour les personnes handicapées de l'Ontario (LAPHO). À ce titre, nous nous efforçons de rendre nos processus de recrutement, d'évaluation et de sélection aussi accessibles que possible et de fournir les adaptations nécessaires pour les candidats handicapés.

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