ANALYSE DES DONNÉES ET CONCEPTION DE VISUALISATION POUR LES MALADIES INFECTIEUSES ÉMERGENTES
KU Leuven
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(réf. BAP-2021-460)
Dernière modification : dimanche 20 juin 2021
Le laboratoire de virologie évolutive et computationnelle de la division de virologie clinique et épidémiologique (Rega Institute, KU Leuven) se concentre sur les processus évolutifs qui façonnent la diversité génétique virale. Cela englobe les processus épidémiques à grande échelle, tels que la croissance démographique et la dispersion spatiale (un sujet populaire dans la recherche phylogéographique et phylodynamique), ainsi que les histoires de transmission à petite échelle et les processus évolutifs au sein de l'hôte, y compris l'adaptation et la recombinaison. Notre objectif est de mieux comprendre ces processus génétiques évolutifs et démographiques et de clarifier leur lien avec la dynamique des épidémies et des maladies. À cette fin, nous nous concentrons sur les développements statistiques et informatiques pour analyser la quantité croissante de données induite par des études de séquençage massives, principalement dans un cadre d'inférence phylogénétique bayésienne, pour laquelle notre groupe de recherche détient une solide expérience. Nous visons également à explorer l'applicabilité de nouvelles approches de visualisation, afin de faciliter l'interprétation et la diffusion de nos recherches.
Dans une première partie du projet, des applications logicielles utiles qui complètent l'inférence phylogénétique et phylodynamique bayésienne devront être conçues et mises en œuvre. Afin de traduire les résultats phylodynamiques de nos modèles proposés en réponses tangibles, l'objectif sera de développer une plate-forme de visualisation Web conviviale, riche en fonctionnalités, interactive et flexible qui peut facilement être appliquée à différents agents pathogènes et permet de partager ces derniers. visualisations aussi fluides que possible. Les plates-formes technologiques Web à utiliser ne sont pas gravées dans le marbre et peuvent être choisies à condition qu'elles s'adaptent bien à des quantités croissantes de données. Notre groupe de recherche a une expérience antérieure dans ce domaine, dans le développement du progiciel SPREAD (https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr481) et de son successeur qui utilise des documents pilotés par les données : SpreaD3 (https:/ /doi.org/10.1093/molbev/msw082). La connaissance des technologies web récentes (voir la description du profil) est donc considérée comme un plus fort.
La deuxième partie du projet consistera à se familiariser avec les reconstructions phylogéographiques bayésiennes sur divers agents pathogènes, mais avec un focus initial sur le virus de la rage. Alors qu'un doctorant précédemment embauché se concentrera sur le développement de nouveaux modèles d'inférence phylogéographique, l'application de ces modèles et la comparaison de leurs résultats d'inférence entre eux constituent une responsabilité importante dans la description de poste actuelle. Une collection d'ensembles de données utiles provenant de différentes régions géographiques devra être établie, et ce pour différents agents pathogènes, et devra être soigneusement analysée aux côtés des métadonnées disponibles et des hypothèses actuelles sur la propagation virale dans le domaine de la recherche. Cependant, ces types d'analyses ne constituent qu'un point de départ, et nous accueillons certainement de nouvelles idées pour des analyses, des développements de modèles et/ou d'applications ou des agents pathogènes intéressants à étudier.
Le candidat à ce poste doit avoir une formation en informatique et/ou en conception de sites Web, et de préférence être titulaire d'une maîtrise (avec distinction/cum laude) et/ou d'un doctorat en informatique/(bio-)informatique (ou équivalent par expérience) . A noter que les spécificités du projet financé ne permettent pas d'embaucher des post-doctorants seniors à temps plein (c'est-à-dire que seuls les doctorants ou les chercheurs ayant récemment obtenu leur doctorat peuvent être embauchés). Le candidat est de préférence expérimenté dans une ou plusieurs technologies web récentes telles que JavaScript, HTML, CSS, Python, Data-Driven Documents (https://d3js.org/), React (http://facebook.github.io/react /) et l'application Node.js (http://nodejs.org). Le candidat doit maîtriser suffisamment l'anglais, être motivé pour travailler en équipe et publier ses conclusions, et disposé à voyager (lorsque les conditions le permettent).
Le candidat sera capable d'effectuer des recherches au sein d'une équipe dynamique et pluridisciplinaire (informaticiens, data analysts et biologistes évolutionnistes), hébergée dans les toutes nouvelles installations de l'institut Rega sur le campus hospitalier universitaire Gasthuisberg, et guidée par des encadrants prolifiques. Le candidat sera en mesure de contribuer au développement continu de la suite d'applications BEAST - utilisée par de nombreux chercheurs dans les domaines de la phylogénétique, de la phylodynamique et de l'évolution moléculaire, et composée d'un large éventail d'outils logiciels - et de collaborer avec les meilleurs chercheurs du domaine. . De plus, à la Division de virologie clinique et épidémiologique, le candidat sera en mesure d'interagir avec plusieurs chercheurs de premier plan dans le domaine de l'épidémiologie, de la virologie et de la métagénomique, et de travailler sur d'importants problèmes de maladies infectieuses dans une perspective évolutive.
La date de début prévue sera le 1er octobre 2021, bien que des dates de début plus tôt et plus tard puissent être négociées, et le candidat devrait obtenir sa maîtrise et/ou son doctorat à ce moment-là. Tous les candidats doivent soumettre une lettre de motivation, un aperçu des résultats de leurs études et deux références (avec leurs coordonnées). Le financement est disponible pendant 4 ans pour effectuer un doctorat, et entre 2 et 3 ans dans le cas où un chercheur post-doctoral junior est sélectionné. Le poste restera ouvert jusqu'à ce qu'un candidat approprié ait été sélectionné.
Veuillez utiliser le portail de l'emploi de la KU Leuven uniquement lorsque vous postulez à ce poste. Pour plus d'informations, contactez Prof. Dr. Guy Baele (guy.baele@kuleuven.be) et/ou Dr. Simon Dellicour (simon.dellicour@ulb.be).
Vous pouvez postuler à cet emploi au plus tard le 30 novembre 2021 via l' outil de candidature en ligne
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