Le Centre Eugène Marquis mène des essais cliniques promus par des laboratoires pharmaceutiques et des groupes institutionnels tels que UNICANCER, l'Organisation européenne pour la recherche et le traitement du cancer (EORTC), les centres globaux du cancer et les hôpitaux universitaires. Il a développé un partenariat étroit avec le CHU de Rennes dans le domaine de la recherche clinique.