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Université étatique (France), Parcourir ses opportunités similaires
Référence: PV-2021-907 / 1
Département / Bureau:
Durée du contrat: 3 ans
Date de début:
Date limite de candidature: 02/05/2021
L'Institut et le service recrutement
Pionnier de la science océanique, la recherche de pointe de l'IFREMER repose sur le développement durable et la science ouverte. Notre vision est de faire progresser la science, l'expertise et l'innovation pour:
- Protéger et restaurer l'océan
- Utiliser durablement les ressources marines au profit de la société
- Créer et partager des données, des informations et des connaissances sur l'océan.
Avec plus de 1 500 personnels répartis le long du littoral français sur plus de 20 sites, l'Institut explore les 3 grands océans: les océans Indien, Atlantique et Pacifique. Leader des sciences océaniques, l'IFREMER gère la Flotte océanographique française et ses scientifiques dédiés créent une technologie de pointe pour repousser les limites de l'exploration et de la connaissance océaniques, de l'abîme à l'interface atmosphère-océan.
Bien implantés dans la communauté scientifique internationale, nos scientifiques, ingénieurs et techniciens se sont engagés à faire progresser les connaissances sur les dernières frontières inexplorées de notre planète. Ils fournissent la science dont nous avons besoin pour une prise de décision éclairée et des politiques publiques et ils transfèrent ces connaissances et cette technologie aux entreprises pour répondre aux besoins publics et privés. Au cœur de notre mission est également de renforcer la sensibilisation du public à l'importance de comprendre l'océan et ses ressources, et de responsabiliser les futures générations de dirigeants grâce à des campagnes nationales d'éducation et de sensibilisation.
Créée en 1984, l'IFREMER est un organisme public français et son budget avoisine les 240 millions d'euros. Il fonctionne sous la tutelle conjointe du ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation, du ministère de la Transition écologique et solidaire et du ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation.
Domaines de responsabilité généraux
L'IHPE développe une recherche intégrative sur les interactions entre les animaux, leurs pathogènes et leur environnement. Il rassemble les personnels de quatre institutions: le CNRS, l'Ifremer, l'Université de Montpellier et l'Université de Perpignan. Le laboratoire bénéficie de nombreux équipements, d'un accès à des plateformes à la pointe de la technologie et notamment de ressources de séquençage et d'analyse bioinformatique à haut débit.
L'équipe TReV étudie la virulence des pathogènes et la résistance de l'hôte afin de comprendre la dynamique de la transmission des pathogènes dans divers pathosystèmes aquatiques. L'équipe est composée de 9 chercheurs aux compétences complémentaires (en microbiologie marine, biologie cellulaire, physiopathologie des mollusques, écologie et évolution) ce qui nous permet de mener des projets de recherche interdisciplinaires et intégratifs.
Résumé
Les vibrions sont responsables de crises majeures en aquaculture. Notre laboratoire a montré que les vibrions du clade Splendidus, qui sont des bactéries pathogènes opportunistes pour l'huître Crassostrea gigas, ont des activités cytopathiques envers les cellules immunitaires de l'huître, les hémocytes. De plus, certains des facteurs de virulence sont également impliqués dans la capacité de certains de ces vibrions à résister à la prédation par les amibes marines. Lors d'une campagne d'échantillonnage visant à étudier la diversité des amibes dans les milieux marins côtiers, nous avons démontré que des vibrions du clade Splendidus ont été trouvés associés à des amibes dans les zones ostréicoles. L'objectif de la thèse est d'étudier les interactions entre les vibrions du clade Splendidus et les amibes marines afin de déterminer le rôle de ces interactions dans l'émergence de bactéries pathogènes. Ce projet interdisciplinaire combinera des approches en biologie fonctionnelle, écologie et évolution. Les résultats de ces travaux permettront de mieux comprendre le rôle des interactions prédateurs / proies dans les mécanismes d'émergence des vibrions pathogènes en milieu marin.
Mots clés
Émergence d'agents pathogènes, interactions hôte-pathogène, vibrions, amibes marines.
Connaissances, compétences et caractéristiques requises
Profil attendu
Conditions de travail spécifiques
Le projet doctoral est structuré autour de trois grands objectifs complémentaires:
1- Etudier les associations entre vibrions et amibes en milieu marin et leur histoire évolutive.
Méthodes: qPCR, séquençage du génome, analyses bioinformatiques: annotations du génome, génomique comparative, phylogénie moléculaire.
2- Etudier le poids relatif des interactions vibrio-amibe sur la sélection de la virulence et l'émergence de bactéries pathogènes.
Méthodes: Criblage fonctionnel par banque de transposons (INseq) et études d'évolution expérimentales.
3- Etudier les mécanismes cellulaires et moléculaires des interactions entre les vibrions pathogènes et les amibes marines.
Méthodes: microbiologie fonctionnelle, biologie cellulaire, microscopie à fluorescence et microscopie électronique.
Le projet bénéficiera des infrastructures du laboratoire IHPE (salles de culture, microscopie, installations de pathologie expérimentale en milieu aquatique, installation de séquençage à haut débit et ressources bio-informatiques) ainsi que des collections de vibrions marins et d'amibes marines du milieu marin côtier , mais aussi les ressources disponibles au sein de l'Ifremer (plateforme expérimentale Palavas, service bio-informatique Sebimer, production d'huîtres normalisées Ifremer pour la recherche).
Les travaux seront menés en collaboration avec différents partenaires nationaux et internationaux dont Vincent Delafont (EBI, Poitiers), Mark Mandel (University of Wisconsin-Madison, USA), Frédérique Le Roux (Equipe GV, Roscoff), Guillaume Martin, Oliver Kaltz et Emmanuel Fronhofer (ISEM, Montpellier).
Cette thèse est une réelle opportunité de travailler sur les thématiques prioritaires scientifiques et technologiques de l'Ifremer. Il donne droit à un salaire mensuel brut de 1900 euros pour une période de 3 ans, non cumulable avec d'autres bourses.
Comment postuler pour ce poste?
Votre dossier de candidature doit inclure:
Votre demande doit être compilée en 2 fichiers PDF , jusqu'à 1,5 Mo pour chaque fichier:
En cas de problème pour joindre vos documents, merci de télécharger votre CV sur cette page (cette étape est obligatoire pour que votre candidature soit prise en considération) et d'envoyer tous les documents au directeur de thèse: marie.agnes.travers@ifremer.fr et guillaume .charriere @ umontpellier.fr
La date limite de candidature est le 2 mai 2021 . Néanmoins, nous vous encourageons vivement à nous faire part le plus rapidement possible de votre intention de postuler, en contactant le superviseur du sujet.
Les contrats des doctorants débuteront à compter du 1er octobre 2021, sous réserve de la remise des documents administratifs autorisant l'Ifremer à recruter le doctorant (attestation de réussite du Master 2 ou diplôme d'ingénieur + visa pour les doctorants étrangers hors UE).
Comment postuler pour ce poste
Date limite de candidature: 02/05/2021
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